Al interrumpir la administracion del progestageno se inica una fase folicular. El progestageno mas utilizado es el Altrenogest en dosis de 0.44 mg/kg por dia. La prostaglandina natural y sus analogos sinteticos provocan la regresion del cuerpo luteo, con lo que se inicia un nuevo ciclo estral. Esta hormona solo se utiliza en yeguas que se encuentran ciclando y es eficaz entre el sexto y noveno dia posterior a la ovulacion (tomando el dia 0 = ovulacion).

Una de las principales razones para utilizar analogos sinteticos de prostanglandinas, es la reduccion en las reacciones secundarias indeseables en la yegua que se provocan al usar la prostaglandina natural, como son sudoracion copiosa, motilidad gastrointestinal aumentada y ataxia caudal. Sin embargo, estas reacciones son limitadas y desaparecen en los 45 minutos siguientes sin dejar secuelas.

La dosis de la prostanglandina natural es de 5 mg, mientras que de una sintetica como el cloprostenol es de 150 mg dosis total.En un estudio que se llevo a cabo con la prostanglandina sintetica antes mencionada para la sincronizacion de estros y reduccion de los efectos colaterales utilizando la mitad de la dosis total (0.75 mg), se encontro un efecto luteolitico en el 95% de las yeguas tratadas, lo que significa que la mayoria de las hembras entraron en celo dentro de los 5 dias siguientes a la aplicacion de la hormona.

En cuanto a los efectos colaterales, se encontro que el efecto mas significativo fue el incremento en la motilidad intestinal, que ocasiono una diarrea temporal en el 64% de los animales, problema que desaparecio dentro de las dos horas siguientes.